Ud over lyophilizerens design og fremstillingsproces påvirker formen på hver del også maskinens kvalitet og levetid. Blandt delene af frysetørringsmaskinen er køleskabsvakuumpumpen og cirkulerepumpen vigtigere, fordi de næsten altid kører, så længe frysetørring udføres.
Køleskabet kan opdeles i åben type, halvlukket type og helt lukket type. Den åbne køleskabsmotor og kompressor er adskilt og drevet af bælte eller kobling, så akselforseglingen er nem at lække. Den halvlukkede type køleskabsmotor kastes i en uden akselforsegling, så luftlækagen reduceres. Den fuldt lukkede type forsegler motoren og kompressoren helt i en stålcylinder for at eliminere luftlækage, Generelt laves store og mellemstore køleskabe til åbne eller halvlukkede typer, og små kølemekanismer laves til fuldt lukkede typer.
For at reducere risikoen for luftlækage skal køleskabet på lyophilizeren være halvlukket eller helt lukket. For at øge pålideligheden af lyophilizer bør køleskabet af den store lyophilizer ikke være en, men flere uafhængige maskiner arbejder sammen, så de lyophiliserede produkter ikke bliver beskadiget i tilfælde af svigt af en i brug.
De fleste af vakuumpumper af lyophilizer bruge to slags pumper, den ene er olieforsegling roterende vakuumpumpe, og den anden er rødderne pumpen, også kendt som den mekaniske booster pumpe. Nogle lyophilizers bruger en to-trins roterende lam vakuumpumpe, som kan opfylde vakuumkravene. Nogle lyophilizers bruge en enkelt-trins olie tætning pumpe og rødder pumpe til at arbejde sammen. Virkningerne af de to metoder er stort set de samme.
Den olieforseglet vakuumpumpe skal være en højhastighedsstrøms direkte tilsluttet pumpe med lille volumen og stor pumpehastighed. Der må ikke være en bæltedrevet vakuumpumpe, og rødderpumpen skal også være en direkte tilsluttet pumpe. Det bør ikke være bælte-drevet, men hydraulisk transmission så vidt muligt. Denne rødder pumpe kan startes på samme tid som den olie-forseglede vakuumpumpe under atmosfærisk tryk. Nogle lyophilizers kræver oliefri vakuumpumper. Den cirkulerende pumpe skal afskærmes, fordi den ikke lækker olie. Hvis der er en olieforsegling i en direkte forbindelse, vil der forekomme olielækage.
